Подготовка научных кадров через аспирантуру в «Институте Гидропроект» осуществляется с 1972 года. За все время существования аспирантуры успешно защищено более 70 диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук.
В настоящее время АО «Институт Гидропроект» имеет лицензию на ведение образовательной деятельности от 03 июня 2010 года, Серия АА, № 003508, регистрационный № 3504, выданную Федеральной службой по надзору в сфере образования и науки, и осуществляет подготовку аспирантов по следующим научным специальностям:
- 05.23.02 Основания и фундаменты, подземные сооружения;
- 05.23.07 Гидротехническое строительство;
- 05.23.08 Технология и организация строительства;
- 25.00.08 Инженерная геология, мерзлотоведение и грунтоведение.
Обучение в аспирантуре ведется по очной, заочной форме и в форме соискательства.